Naturalny kwas cytrynowy jest szeroko rozpowszechniony w przyrodzie, naturalny kwas cytrynowy występuje w roślinach takich jak cytryny, cytrusy, ananasy i inne owoce oraz kości zwierząt, mięśnie, krew. Syntetyczny kwas cytrynowy powstaje w wyniku fermentacji cukru, melasy, skrobi, winogron i innych substancji słodzących.
Wiele owoców i warzyw, zwłaszcza cytrusowych, zawiera duże ilości kwasu cytrynowego, zwłaszcza cytryny i limonki – zawierają one duże ilości kwasu cytrynowego, aż do 8 procent po wysuszeniu (około 47 g/l w soku owocowym). W owocach cytrusowych zawartość kwasu cytrynowego waha się od 0.005mol/l w pomarańczach i winogronach do 0,30mol/l w cytrynach i limonkach. Zawartość ta różni się w zależności od różnych gatunków uprawnych i wzrostu roślin.